Se produce un cambio radical en el equipo y se consigue finalizar la temporada regular en 3ª posición con 68 puntos y con opciones de alcanzar puestos de ascenso directo hasta la penúltima jornada. El equipo consigue quedar primero contra el Motril C. F., Hospitalet y la Cultural Leonesa y retornar por tercera vez a Segunda División. En mayo de 2012 se hace notorio el enfrentamiento existente desde hace varias temporadas entre Ángel Torres Sánchez, presidente del club, y la afición del Getafe causada por la política social, por la falta de fomento del crecimiento de la afición, y especialmente por el precio de los abonos «económicos» que son tras el Athletic Club los de mayor precio de 1.ª División. Su primera temporada en Primera es la 2004/05. El entrenador fue Quique Sánchez Flores que también debutaba en la categoría. En dicha temporada se baten todos los récords de la historia del Getafe. Con el paso del tiempo pasa al fondo norte donde permanece hasta la temporada 2010/2011. En las dos siguientes temporadas, en Tercera División, se traslada al fondo sur con la peña Orgullo cazurro.

Jugadores emblemáticos que dejan el club en esta época son Manu del Moral en la temporada 2011/12 con destino el Sevilla; Daniel Cata Díaz en la temporada 2012/13 fichado por el Atlético de Madrid y el capitán Javier Casquero, también en la temporada 2012/13 por rescisión de contrato. Salen del equipo entre otros: Pedro León, Pablo Sarabia y Álvaro Vázquez, además de los que cumplían fin de cesión. La temporada 2002-03 se inició con los fichajes de jugadores que fueron muy importantes para el equipo como «Gica» Craioveanu, Vivar Dorado o Diego Rivas entre otros, terminando aquella temporada en un traquilo decimoprimer puesto. Las espectaculares instalaciones del Área Deportiva de Puente Castro cuentan con un campo de hierba natural, otro de artificial, uno de rugby y un miniestadio en el que la Cultural jugó tres temporadas y una fase de ascenso. En la temporada 2009/10 se proclama sexto en la 1.ªDivisión tras sumar 58 puntos y con ella clasificarse para la Europa League (Antigua UEFA) tras ganar al Club Atlético de Madrid 1-3 en el Vicente Calderón y así consumar una magnífica temporada bajo las órdenes de Míchel. En la siguiente temporada finaliza el contrato de Míchel como entrenador y se ficha a Luis García Plaza por un periodo de 3 años.

Míchel siguió al frente del club azulón. También figura en la clasificación histórica del ranking mundial de clubes de la Federación Internacional de Historia y Estadística de Fútbol como el noveno mejor club del mundo del siglo XX. En septiembre de 2014 la Liga Nacional de Fútbol Profesional prohíbe inscribir a Pedro León. Al club retornan jugadores como Daniel Güiza, Pedro León o Alexis Ruano, destacando el canterano Abdelaziz Barrada y el portero cedido por el Valencia, Miguel Ángel Moyá. A pesar de esta eliminación, en conjunto el Getafe realiza una gran campaña en esta primera Copa de la UEFA que disputa en toda su historia, eliminando a equipos como el Benfica, o el AEK Atenas FC, además de vencer clubes históricos como Tottenham Hotspur FC o RSC Anderlecht. Pol Roigé: El conjunto blanco fichó al delantero centro barcelonés para el Juvenil «C» tras ser descartado por el club azulgrana.

Aun con todos esos sucesos, el Getafe C. F. consigue una quinta plaza en la liga regular y gracias a que no podía ascender el Universidad Las Palmas por ser por aquel entonces filial del Unión Deportiva Las Palmas, el Getafe C. F. jugó la fase de ascenso en su lugar. 3-5 en el que sobresale especialmente la gran actuación de Sergio Pachón consiguiendo cuatro de los cinco goles del Getafe C.F. Al equipo se unen jugadores primordiales como Miguel Carrilero «Michel II», Gari Uranga, Mario Cotelo, Sergio Pachón o David Belenguer entre otros. Un delantero o atacante es un jugador de un equipo de fútbol que se destaca en la posición de ataque, la más cercana a la portería del equipo rival, y es por ello el principal responsable de marcar los goles. Regularmente se realizan en todo el mundo encuentros amistosos con propósitos benéficos, cuyos promovedores suelen ser estrellas del fútbol mundial. Estudiantes disputó las únicas diez ediciones que se jugaron del trofeo, entre 1988 y 1997, con una única participación destacada, en 1990, cuando fue eliminado en semifinales, en la definición por penales, por Nacional de Montevideo. Tras un año jugando de nuevo en la Norddeutsche Liga, en 1928/29 formará parte de la Runde de Zehn (Ronda de los Diez).

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