↑ Grupo de Opinión Pública de la Universidad de Lima (2009). «Barómetro Noviembre 2009» (PDF). En lo económico la deuda se redujo con la ampliación de capital de 2009 y la venta de jugadores pero continuaba sin poderse afrontar, ni por supuesto reanudar las obras del futuro estadio, ni siquiera con el plan Newcoval acordado entre Llorente y Bancaja. Otros jugadores característicos de esta etapa son Ricardo Costa, Jeremy Mathieu, Roberto Soldado, Aritz Aduriz o Tino Costa. Con él se gana la Supercopa de Europa pero no termina la temporada 2004-2005 por los malos resultados y empieza una etapa mucho más gris para la entidad. Termina la época dorada del club con la marcha de Rafa Benítez por discrepancias con el director general Manuel Llorente, y el técnico es sustituido por el italiano Claudio Ranieri en su segunda etapa valencianista. La primera mitad de los años 2000 suponen la culminación de la nueva época dorada del Valencia CF.

A finales de la década, el club inicia su segunda época dorada con la llegada del entrenador italiano Claudio Ranieri, del veloz goleador Claudio «Piojo» López y de Gaizka Mendieta, que conquistan la Copa del Rey 1998-1999 y consiguen la primera clasificación del equipo para disputar la moderna Liga de Campeones. Escocia participó en la Clasificación para la Eurocopa de 1992 una derrota por 1-0 ante Rumanía de visita dejó su clasificación dependiendo de otros resultados, pero un empate 1-1 entre Bulgaria y Rumanía el cual les permitió clasificar por primera vez en su historia a una Eurocopa, ya en el torneo quedó emparejada en el Grupo B junto a Holanda, Alemania y CEI a pesar de su buenos partidos no pudo evitar la caída ante Holanda y Alemania ya en el último partido logró una victoria contra el CEI, sin posibilidades de clasificar a la siguiente fase. Se formó la plantilla más joven de la primera división con 23,6 años de media. La temporada siguiente se contrató a Unai Emery con el objetivo de volver a la Champions League, objetivo que no se alcanzó hasta dos años después. En 2012 el club decide no renovar a Unai Emery tras cuatro temporadas por un supuesto fin de ciclo, y Manuel Llorente contrata a Mauricio Pellegrino en su debut como entrenador, sin contar con la opinión de la dirección deportiva ni del consejo de administración.

En 2012, y como consecuencia de la política de austeridad implantada por la Administración Temporal, Universitario contó con un plantel corto que no le permitió afrontar satisfactoriamente el torneo, por lo cual llegó a temerse que su permanencia en la categoría se viera comprometida. DC Comics ha presentado varias demandas contra el club por la supuesta confusión a la que inducirían sus logotipos con el de Batman (personaje creado veinte años más tarde que el Valencia F.C.), las cuales no han prosperado hasta ahora. Bankia decidió no refinanciar las deudas de la Fundación y del club al no aprobar el plan de refinanciación presentado por Amadeo Salvo y Aurelio Martínez, y además el aval de la Generalidad Valenciana había sido anulado cautelarmente por un juzgado, lo cual hizo que Bankia solicitara la búsqueda de inversores, haciendo pública la noticia mediante un comunicado mientras se producía la Junta General de Accionistas del Valencia el 10 de diciembre de 2013, algo que no sentó nada bien en el club. Se inicia una profunda renovación en prácticamente todas las áreas y la política del club con Amadeo Salvo como presidente, como la marcha de los capitanes Albelda y Soldado, por el cual pagan su cláusula de rescisión.

Pese a la calidad individual de la mayoría de jugadores y las ambiciones que se pretendían, con el equipo envuelto en una complicada situación económica, social y deportiva, no se alcanzó ningún triunfo más allá de clasificar cada año para disputar la Champions, hasta que en 2008 se conquistó inesperadamente la séptima Copa a pesar de una vergonzosa campaña liguera en la que se sufrió hasta las últimas jornadas por mantener la categoría. El local de los jugadores fue abierto en 1990 y fue reconstruido en la temporada de 2007-08 según las sugerencias del entrenador Jürgen Klinsmann, quien tomó inspiración de otros clubes. En el torneo local tuvo una campaña regular, camisetas de futbol 2023 sin embargo no llegó a ocupar ninguno de los primeros puestos. Unos espectaculares números llevaron al equipo a competir hasta el final en una temporada liguera llena de récords. El equipo parecía otro y completó una magnífica segunda vuelta del campeonato recuperando fútbol y dignidad, ascendiendo hasta un triste pero muy trabajado 9.º puesto, que al menos sirvió para que el equipo disputara en verano la Copa Intertoto que daba acceso a la UEFA. El verano de 2014, mientras se cerraba el proceso de venta de la mayoría accionarial a Peter Lim, se hizo una ambiciosa apuesta por devolver al Valencia a la Champions League.